เจแปนฟุตบอลลีกหรือชื่อย่อยว่าเจเอฟแอลซึ่งดูแลและบริหารโดยสมาคมฟุตบอลญี่ปุ่น ลีกนี้จะเป็นลีกในลักษณะกึ่งอาชีพ ประกอบด้วยทีมสมัครเล่น ทีมอาชีพ และทีมจากมหาวิทยาลัยทั่วประเทศญี่ปุ่น เป็นลีกในระดับ 3 ของระบบลีกฟุตบอลญี่ปุ่นระบบการแข่งขันการแข่งขันแบบพบกันหมด 2 รอบ  90นาทีต่อนัด ไม่มีโอที ฝ่ายชนะจะได้ 3 คะแนน เสมอจะฝ่ายละได้ 1 คะแนนและ ฝ่ายแพ้จะได้ 0 คะแน ในปี 2014 ระบบการแข่งขันเปลี่ยนเป็นระบบการแข่งขันสองขั้นตอนในช่วงแรกของการก่อตั้งเจลีก ทีมจแข่งขันแบบพบกันหมดครั้งเดียวของแต่ละขั้นตอน แต่ไม่มีโอทีแชมป์เปี้ยนของแต่ละขั้นตอนจะแข่งขันกันเพื่อชิงแชมป์ในระบบเหย้าและเยือน อันดับที่สามหรือต่ำกว่าจะถูกจัดอันดับตามคะแนนสะสมของสองขั้นตอนลีกมีระบบการตกชั้น เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล:ทีมที่เป็นอันดับ 1 และอันดับ 2 จากท้ายตารางจะถูกตกชั้นไปยังลีกภูมิภาคโดยตรง แชมป์ลีกภูมิภาคและรองชนะเลิศจะได้รับการเลื่อนชั้นโดยตรงทีมอันดัยที่ 3 จากท้ายตารางจะเล่นเพลย์ออฟกับทีมอันดับสามในลีกภูมิภาค ฝ่ายชนะจะเข้าร่วมใน JFL และฝ่ายแพ้จะเข้าร่วมในลีกภูมิภาคเนื่องจากจะมี 16 ทีมที่เข้าร่วมในปี 2015 จึงไม่มีทีมใดถูกตกชั้นในปี 2014ลีกยังมีระบบ "อัพเกรด" เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล ทีม JFL จะต้องปฏิบัติตามเงื่อนไขต่อไปนี้เพื่อย้ายไปยังลีกอาชีพระดับต่ำสุด (J3 ชั่วคราว):1. มีใบอนุญาตจากจากเจลีกญี่ปุ่น2.เป็น J.League 100 Year Plan club status3.เป็น 4 อันดับแรกของฤดูกาลในJFL หากมีมากกว่าสองทีมที่มีใบอนุญาตเจลีกญี่ปุ่น จะเลือกเพียงสองทีมที่มีผลการแข่งขันดีที่สุดเท่านั้น4. ยอดผู้ชมเฉลี่ยแต่ละนัดในฤดูกาลมากกว่า 2000 คน 5.รายได้รวมต่อปีของฤดูกาลมากกว่า 150 ล้านเยนญี่ปุ่นนอกจากนี้ ทีมคะแนนสะสมอันดับหนึ่งในช่วงครึ่งแรกของฤดูกาลสามารถได้รับสิทธิ์เข้าร่วมฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานสมเด็จพระจักรพรรดิและจะแข่งขันรอบแรก แต่ในฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานสมเด็จพระจักรพรรดิปีค.ศ.2014ยกเลิกสิทธิ์นี้